Anung Un Rama est né de l'union d'un démon et d'une humaine[1] et a vécu en enfer pendant sa jeunesse, jusqu'à ce qu'il soit invoqué en 1944 par Raspoutine. Le moine, ayant survécu à son assassinat de 1916, avait été engagé par Heinrich Himmler et travaillait donc pour le compte des nazis. Ces derniers comptaient utiliser la créature pour changer l'issue de la Seconde Guerre mondiale, mais l'invocation ne se déroula pas comme prévu et Anung Un Rama fut finalement recueilli et élevé par l'armée américaine, qui lui donna son nom : Hellboy (littéralement « garçon de l'enfer »). Devenu adulte, il a intégré une agence spécialisée dans la lutte contre les menaces paranormales, le Bureau for Paranormal Research and Defense.

Il est aidé dans ses enquêtes par Liz Sherman, qui possède des talents de pyrokinésiste, et Abraham « Abe » Sapiens, une créature amphibienne. Au fur et à mesure des épisodes, la distribution s'étoffera avec de nouveaux alliés comme Roger l'homoncule ou Lobster Johnson.

Cependant, Hellboy apprend un jour que le B.P.R.D. avait placé une bombe dans Roger, pour parer à toute éventualité. Particulièrement remonté contre son employeur, il décide de démissionner. L'équipe restante, constituée d'Abe Sapiens, Liz Sherman et Roger, continuera ses missions avec un nouveau membre, Johann Kraus.